井冈山为地球上同纬度丰富的生物区分地之一。植物、动物区系复杂，区系成分繁多，生物资源特别丰富。距今约6000万年前遗留下来的，比较古老而又完整的新生代第三纪型森林生态系统，已查明有高等植物280科800余属3400余种。列入《世界自然保护联盟物种红色名录》的植物有10种，列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录II的有38种，列入《中国物种红色名录》的有67种，列入《中国国家重点保护野生植物名录》的有23种。在中国特有种子植物460种中，井冈山特有种子植物20种，还有列入省级保护的78种。

动物种类也非常丰富，已查明脊椎动物有307种，其中哺乳类42种，鸟类162种，爬行类41种，两栖类29种，鱼类35种。昆虫类种类达21000种，区内分布有多种珍稀濒危动物，列入《世界自然保护联盟物种红色名录》有13种，列入《濒危野生动物种国际贸易公约》附录的有17种，列入《中国物种红色名录》的有37种，在列入《中国国家重点保护野生动物名录》的有38种中，井冈山有特有动物25种。代表动物有黄腹角雉、猴面鹰、藏酋猴、水鹿、穿山甲、乌梢蛇、百花蜥、水鲵（娃娃鱼）、虎纹蛙、棘胸蛙等等。